快速开始

使用 Bpipe 的第一步

安装

首先确保已经安装了Bpipe，bpipe -h可以显示帮助信息表明已经安装成功。

# 安装java

# 安装 bpipe
wget https://github.com/ssadedin/bpipe/releases/download/0.9.11/bpipe-0.9.11.tar.gz
tar xzvf bpipe-0.9.11.tar.gz
vim ~/.bashrc #将bpipe/bin加入环境目录中

Hello World

Bpipe非常容易上手，按照下面的步骤制作您的第一个管道。

将下面内容输入文件中并将其另存为helloworld.pipe：

hello = {
  exec "echo Hello"
}
world = {
  exec "echo World"
}

Bpipe.run { hello + world }

然后输入：bpipe run helloworld.pipe

解释说明

上面的脚本有几个部分。前3行声明了一个名为“hello”的阶段：

hello = {
  exec "echo Hello"
}

这个阶段的bash脚本放在双引号中 - 一个简单的“打印”：echo Hello。

然后使用名为“exec”的Bpipe命令执行此操作。exec语句将命令传递给bash shell，以便在后台执行。在执行命令之前，它会将执行日志记录到一个文件中，以便您可以查询流程何时开始和完成。它还捕获命令的标准输出和错误输出，并将其记录在流程日志文件中。如果命令失败，它将中止脚本。可以直接通过Bpipe得到这些内容，而不用通过 bash shell执行命令。

“world”阶段与“hello”阶段完全相同，所以下一个有趣的部分是：

Bpipe.run { hello + world }

花括号中的"hello + world" 是使用“+”操作符管道将两个阶段连接在一起。然后将此流程传递给 Bpipe运行。如果没有此语句，您的Bpipe脚本将只是定义流程的不同阶段而不会运行它们。您可能想知道为什么要这样做，随着您流程的发展，您会意识到这实际上是Bpipe的一个非常重要的功能。因为随着时间的推移，您将构建一个可以混用、符合的和重用的流程阶段库，组合不同阶段就可以创建满足特定项目需求的流程，而无需更改每个阶段的定义。

提示：由于上面的任务使用了双引号，您可能想知道如果要运行的命令本身要用双引号会发生什么。对于这种情况（以及许多其他情况），您可以在语句周围使用三重引号，如下所示：

hello = {
    exec """
        echo "hello" 
    """
}

当然，这个特殊的管道非常无聊，因为它没有输入，除了显示消息之外，它不会产生任何输出。要了解Bpipe如何管理输入和输出，请查看本教程的下一部分： 具有输入和输出的示例